A Tisza István, majd később Kossuth Lajos nevét viselő, ma már Debreceni Egyetem névre hallgató intézmény a református kollégium megalapításától számítja megalakulását. 1938-ban ünnepelte az egyetem 400 éves évfordulóját. Abban az évben az egyetem és a Református Kollégium épületébe is számtalan műalkotás került. Többek közt akkor helyezték el a város főépítésze (Borsos József) által tervezett franciaparkba a négy reformátor-szobrot az egyetem elé.

Az egyetemi templom építésével kicsit megkéstek az évfordulótól, mert csak 1939-ben írták ki rá a pályázatot. Az egyetem épülete mellé egy építészetileg 'semleges' épülettömb kellett, hogy kerüljön. Borsos József ekkor egészen más stílusban tervezett sok-sok középületet a városnak. De itt nem engedték a már jól megszokott vörös klinkertégla használatát, mert az nagyon elütött volna stílusában az egyetem főépületétől. Végül 1941-ben adták át a templom épületét felekezeti célokra. Rögtön a második világháborúban találatot kapott az épület, és mint ahogy a főépület üvegablakai, így a templom üvegablakai is megsemmisültek.
A háború után nem használhatta a református egyház, egészen a rendszerváltásig.

A homlokzaton látható címer csak pár évvel ezelőtt került oda, mióta újra egyházi célokra is alkalmas az épület. Eredetileg nem volt az épület homlokzatán. Cseresznye József díszműüveges mester készítette a címert, mely nagyban hasonlít Debrecen városéra. Egyetlen különbség a Ha az Isten velünk, Kicsoda ellenünk' felirat a címeren.

A templom helyi műemléki védelem alatt áll.