A folyók, hidak, hajósok, vízimolnárok, halászok védőszentje. A gyónási titok mártírjaként tartják számon; 1340-ben Csehszlovákiában (ma Csehország), Pomuk vagy Nepomuk nevű mezővároskában született. Mivel mindjárt születése után életveszélyes betegséget kapott el, szülei a közeli zöldhegyi ciszterceti kolostor templomába vitték és megfogadták, ha felgyógyul, Isten szolgálatára adják. Az esett után néhány nap múlva meggyógyult. Szülei ettől fogva nagy gondola ügyeltek gyermekük testi és lelki fejlődésére. Mivel papi pályára szánták magasabb tanulmányainak elvégzésére a prágai egyetemre küldték Tanulmányai befejeztével a papai egyházmegye papjelöltje közé lépett, s harmincnapi teljes visszavonultság után áldozópappá szentelték. A Boldogságos Szűz tiszteletére épült Teyn-templomban kezdte meg papi munkáját.
IV. Vencel király az 1379. évi nagyböjtre öt bízta meg a királyi kápolnában az ünnepi beszéd elmondásával. A királynak annyira tetszett János beszéde, hogy rábízta a templom kanonoki feladatait. Johanna királyné gyóntatópapja lett és a keresztény türelemre nevelte. IV. Vencel azonban nem a türelem jegyeit látta feleségében, hanem azt gondolta változása oka, hogy megcsalja öt. Mivel bizonyítéka nem volt a hűtlenkedésre magához hívatta Nepomuki Jánost, először ígéretekkel majd kínzással próbálta rávenni, hogy árulja el a királyné gyónásait. János ezt megtagadta. Ezen annyira feldühödött a király, hogy tömlöcbe vetette és égő fáklyákkal süttette. A királyné közbenjárásával megkegyelmeztek neki, és szabadon engedték.

1383. húsvétján lépett utoljára a székesegyház szószékére. A király haragja még ekkorra sem múlott el. és 1383. május 16.-án bakóival a híres Károly-hídról a Moldva folyamba lökette.
Isten azonban nyomban megdicsőítette alig, hogy élettelen teste felmerült a habokból ragyogó fény övezte körül. A fényre odasereglett tömegben ott voltak a káptalan kanonokai is akik felismerték Jánost, és tetemét a Szentkereszt-templomba vitték. Innét a székesegyházba szállították ahol a mai napig nyugszik.
Mikkor 1719-ben felnyitották sírját a szent nyelvét egészen éppen találták. Hivatalos szenté avatására 1729-ben került sor.

Azóta Nepomuki Szent János a legnépszerűbb és legtiszteltebb szentek közé tartozik. Tisztelete nálunk is nagymértékben elterjedt, szobraival gyakran találkozhatunk hidakon, patakoknál, kutaknál és útszéleken.
Nepomuki Szent János nevéhez számos legenda is fűződik.